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A maioria das malformações fetais ocorre esporadicamente, ou seja, não há um fator de risco prévio para que ocorra, e normalmente acontece em gestações de baixo risco. Contudo, sabidamente, algumas condições podem aumentar a chance de malformações, como o Diabetes Mellitus tipo 1 descompensado durante a concepção, pois o estado hiperglicêmico pode provocar alterações no embrião, levando à ocorrência de cardiopatias, de síndrome da regressão caudal ou malformações do fechamento do tubo neural.

O uso de medicamentos teratogênicos (antiepilépticos, warfarina entre outros) também pode propiciar o surgimento de diferentes tipos de malformações estruturais. Além disso, a deficiência de ácido fólico está associada a defeitos de fechamento do tubo neural, como a mielomeningocele. Dessa forma, a suplementação com ácido fólico 3 meses antes e durante o primeiro trimestre da gestação reduz a ocorrência desse tipo de malformação.

Por último, algumas infecções adquiridas durante a gestação podem causar danos fetais se houver passagem transplacentária, ou seja, o agente conseguir ultrapassar a barreira de proteção que é a placenta e chegar ao feto. Entre elas, as infecções mais prevalentes são toxoplasmose, citomegalovírus e sífilis, e menos comuns temos parvovírus e cocksackie.